Corff gweinyddol yr Eglwys Gatholig Rufeinig sy'n cyflawni grymoedd barnwrol, deddfwriaethol, a gweithredol y Pab yw Llys y Pab[1][2] (Lladin: Curia Romana). Lleolir yn Ninas y Fatican. Rhennir adrannau'r Llys yn gynulliadau, tribiwnlysoedd, a swyddogaethau. Gosodir grymoedd y Llys gan y gyfraith ganonaidd a dogfennau cysylltiedig, ac mae hanes a thraddodiadau'r Eglwys Babyddol hefyd yn sail i'w awdurdod.
Ymhlith y prif swyddfeydd mae Ysgrifenyddiaeth y Wladwriaeth, Synod yr Esgobion, Amgueddfeydd y Fatican, Banc y Fatican, a'r Gwarchodlu Swisaidd. Y Cynulliad dros Athrawiaeth y Ffydd (ynghynt Swyddfa Sanctaidd y Chwil-lys) yw'r prif gynulliad, sydd yn arolygu materion y ffydd, y Beibl, a'r holwyddoreg. Ceir cynulliadau eraill sydd yn ymwneud ag Eglwysi Catholig y Dwyrain, addoliad a'r sacramentau, canoneiddio, efengylu, yr offeiriadaeth a'r esgobion, ac addysg. Ymhlith y tribiwnlysoedd mae llysoedd eglwysig sydd yn ymwneud â maddeuebau, diddymu priodasau, ysgymuniadau, ac heresi a sgism. Y Rota yw goruchaf lys apêl yr Eglwys Gatholig Rufeinig a goruchaf lys eglwysig yr Esgobaeth Sanctaidd. Yn ogystal mae sawl comisiwn sydd yn arolygu materion megis etifeddiaeth ddiwylliannol, archaeoleg, ac America Ladin.[3]